Ağaçören ilçesinin tarihi MÖ 5 binlere yani Kalkolitik Çağa kadar gitmektedir. Yapılan yüzey araştırmalarında ilçe sınırları içerisinde çok sayıda höyük ve yerleşim yeri saptanmıştır. Yapılan kazılar ve araştırmalar sonucunda toplanan verilere göre Kalkolitik, Eski Tunç, Asur Ticaret Kolonileri, Hitit, Frig, Helenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinde bölgede yaşam olduğu anlaşılmaktadır. Kızılırmak havzası içerisinde yer alan Ağaçören'de Karacaören, Eskibağ, Harmanyeri, gibi höyüklerle Yağmur höyük köyünde yer alan höyükte bu kesintisiz iskanı görmek mümkündür. İlçede irili ufaklı çok sayıda Frig, Helenistik ve Roma dönemlerine tarihlenen Tümülüsler buradaki eski devre ait yaşamın bir belgesi olarak karşımıza çıkmaktadır.
Eskil’de tarihi kalıntılara baktığımızda yörenin tarihinin Eski Tunç Çağına yani MÖ 3. yüzyıla kadar uzandığını görebiliriz. Yörede yapılan yüzey araştırmalarına bakıldığında ilk olarak karşımıza Böget köyündeki Böget höyüğü ve Hitit barajı olan Böget barajı karşımıza çıkar. Höyük; Asur Ticaret Kolonileri, Hitit, Helenistik ve Roma devirlerinde iskân edilmiştir. Tosun, Güneşli, Seppınarı, Ortakuyu (Komitanus Harabeleri), Köşk, Çukuryurt, Hacıeyvatlı (Hüyüklü), Mutlu, Çulfa, Sağsak yaylalarındaki höyükler ile buralardan bulunan mimari eser döküntüleri, taş ve pişmiş toprakla yapılmış irili ufaklı heykelcikler Eskil ve çevresinde tarihi devirlerin çok eskiye gittiğini gösteren deliler olarak günümüzde karşımıza çıkar.
Gülağaç; günümüzden 10 bin yıl önce ovaya inmeye başlayan insanların ilk yerleşimleri, Aksaray’ın 25 km güney doğusundaki Gülağaç Kızılkaya Köyü ve Melendiz Nehri kenarındaki Musular ve Aşıklı Höyük’tedir. Kalkolitik Çağa ait izler ise kaybolmaya yüz tutmuş kaya üzeri yerleşmelerde görülmektedir. İlçeye bağlı, Apsarı Köyündeki Güvercinkayası’nda, bu dönem insanının nasıl yaşam sürdüğünü gösteren kalıntılar bulunmaktadır. Gülağaç ilçesine bağlı Saratlı ve Camiliören köylerinde bulunan mağaralar; Kapadokya Bölgesi içerisinde yer alan Ürgüp, Göreme, Derinkuyu ve Kaymaklı mağaraları ile aynı özellikleri taşımaktadır.