Aksaray tarihi, günümüzden 11 bin yıl önce Orta Anadolu'nun ilk köy yerleşmesinin Aşıklı Höyük'te kurulmasıyla başlar. Aşıklı'da başlayan 11 bin yıllık serüvende farklı medeniyetlere ev sahipliği yapan Aksaray, İpek Yolu üzerinde Kapadokya'nın batıya açılan kapısı olarak tarihteki yerini almıştır.
Buzul Çağının ardından günümüzden yaklaşık 11 bin yıl önce (MÖ 9000), Orta Anadolu'da yaşayan insanlar yerleşik hayata geçmeye başlarken bilinen ilk köy yerleşmesi Aşıklı Höyük'te kurulmuştur.
Aşıklı Höyük'te sürekli bir yerleşim kurulurken bu köyü kuranlar ilk kez tarıma başladılar, hayvanları evcilleştirdiler ve ulaştıkları obsidyen teknolojisiyle birlikte Orta Anadolu'daki insanlık tarihini yazmaya başladılar. Dünyada bilinen en eski beyin ameliyatının 20-25 yaşlarında bir kadına Aşıklı Höyük'te uygulanması Aşıklı halkının ulaştığı teknolojinin de göstergesidir.
Neolitik Çağda Aksaray ve çevresi iskân görürken Böget köyü çevresinde bu döneme ait seramiklere rastlanmıştır. Kalkolitik Çağda ise yaşamın kesintisiz olarak Aksaray'da devam ettiği görülmektedir. Güvercinkayası ve Yüksek Kilise eteğindeki yerleşim bu dönemin izlerini taşımaktadır.
MÖ 3000-2000 yıllarında Anadolu’da Hattiler yaşarken bu dönemde Asurlu tacirler bölgede ticaret yapmışlardır. Aksaray'daki Acemhöyük yerleşmesi önemli bir ticaret merkezi konumuna gelmiştir.
Aksaray, Hattilerin ardından Hitit, Pers, Helenistik Dönem (Büyük İskender), Roma ve Bizans egemenliklerinde kalmıştır. MS 1. yüzyılda Aziz Paul ve müritleri tarafından Anadolu'da yayılmaya başlayan Hristiyanlık, çok tanrılı Roma taraftarlarının büyük tepkisine neden olduğundan ilk Hristiyanlar korunmak için elverişli mekanlara yerleşmişlerdir. Ayrıca inzivaya çekilmek isteyen birçok din adamı Aksaray ve çevresini tercih etmiştir. Bu dönemde Güzelyurt ve Gülağaç sınırları içinde çok sayıda yeraltı şehri inşa edilirken vadiler içinde bulunan dik yamaçlar oyularak kaya içi kiliseler ve meskenler açılmıştır.
7. yüzyıl sonlarından itibaren Müslüman Arapların Anadolu üzerinden İstanbul'a yaptıkları seferler nedeni ile bölgeye sığınan Hristiyanların sayısı artarken Ihlara ve Manastır Vadisi çevresinde önemli yerleşim birimleri oluşmuştur.
1142'de Selçuklu hakimiyetine giren Aksaray'dan tarihi İpek Yolu geçerken bu dönemde çok sayıda Türk İslam eseri inşa edilmiştir. II. Kılıçarslan zamanında Aksaray'a saray, medrese, zaviye ve kervansaraylar yapılmıştır. Yine bu dönemde yapılan Sultan Han'ı, İpek Yolu üzerindeki en büyük kervansaraydır.
Selçukluların ardından İlhanlı, Danişmendli ve Karamanoğulları hakimiyetinde kalan Aksaray'ı 1470 yılında alan İshak Paşa, Fatih Sultan Mehmet'in emriyle halkın bir bölümünü İstanbul'a nakletmiştir. İstanbul'un Türkleşip İslamlaşma sürecinde iskânda değerlendirilmiş olan Aksaray halkı; bugün pek çoğu İstanbul'un Fatih ilçesi sınırları içinde kalan Aksaray, Cağaloğlu (Coğlaki), Ereğlikapı, Kurtuluş, Laleli, Ortaköy ve Sofular'a yerleştirilmiştir. Ve iskânla gidenler yeni yerleştikleri yerlere Aksaray'daki mahalle isimlerini vermişlerdir. İskân sırasında Aksaray'da kalanların yaşadığı semt: Kalanlar Mahallesi (Kalınlar) ismiyle günümüze kadar ulaşmıştır. Yine Aksaray halkının bir kısmı 1571 yılında Kıbrıs'ın fethiyle buraya yerleştirilmiştir.
Cumhuriyet dönemine kadar Konya’ya bağlı bir sancak olan Aksaray, 1920 yılında vilayet olmuş, 1933 yılında vilayetliği lağvedilerek Niğde'ye ilçe olarak bağlanmış ve 15 Haziran 1989 tarihinde yeniden vilayet olarak hızlı bir gelişim sürecine girmiştir.
Aksaray’ın adının ilk olarak eski Hitit metinlerinde geçen “Nenessa (Nenossos) olduğu sanılmaktadır. MÖ 1. bin yılda Kral Kiakki döneminde Şinakhatum-Şinukhtu olarak anılan Aksaray, Helenistik dönemde Kapadokya Krallığı'na bağlanmış ve Garsaura olan ismi Arkhelais olmuştur. Selçuklular döneminde de Arkhelais olan adı II. Kılıçarslan tarafından Aksaray olarak değiştirilirmiş ve devletin ikinci başkenti olmuştur. Aksaray, şehre kötü insanların alınmamasından dolayı iyi insanların yaşadığı yer anlamına gelen "Şehr-i Süleha" olarak anılmıştır.
Şehirde güçlü bir tasavvuf hayatı yaşanırken Evliya Çelebi'nin seyahatnamesinde belirttiği üzere 7 binden fazla evliyanın yaşadığı şehir evliyalar şehri olarak anılmaktadır. Taptuk Emre, Yunus Emre, Cemâleddini Aksarâyî, Şeyh Hamîdüddini Aksarâyî (Somuncu Baba), Yûsuf Hakîkî Baba gibi öne çıkmış tasavvuf alimleri Aksaray'da yaşamışlardır.